İlk defâ İranlı Siyâvuş bin Melik Üstûrî Keykâvus tarafından kuruldu. Babasına kızan Ziyâvuş, Türk sultânı Efrasyâb’a sığındı. Ondan izzet ve ikram gördü. Efrasyâb, onu kızlarından biri ile evlendirip, bugünkü Buhârâ şehrinin bulunduğu yeri ona verdi. Siyâvuş, burada Buhârâ şehrini kurdu. Oraya uğrayan avcıların yerleşmesi ile de şehrin nüfûsu arttı. Daha sonra Efrasyâb ile arası açılan Siyâvuş, onun tarafından öldürüldü. Şehrin bundan sonraki târihi, müslümanların fethettiği zamana kadar bilinmemektedir.
İslâm orduları, ilk defâ hazret-i Muâvîye devrinde Ubeydullah bin Ziyâd komutasında Buhârâ önlerine geldi. Bu sırada Buhârâ’yı ölen hükümdârın hanımı idare ediyordu. İslâm mücâhidleri ile Buhârâlılar arasında uzun süren muharebeler oldu. Buhârâlılar’ın yenilmesi üzerine, müslümanların lehine sulh yapıldı. Şehrin halkı, o zamanlar putperest olduğundan, müslümanlara kolay kolay boyun eğmedi. İslâm ordularının gelmesiyle onlarla muharebe eden Buhârâlılar, yenilince İslâmiyeti kabul ettiklerini bildirdikleri hâlde, mücâhidlerin ayrılması ile tekrar eski dinlerine dönüyorlardı. Şehir daha sonra Kuteybe bin Müslim tarafında başka bir rivâyette de Sa’îd bin Osman bin Affân tarafından fethedilmiştir.
Kuteybe bin Müslim, Buhârâ’yı fethettikten sonra, İslâmiyetin yayılması için geceli gündüzlü çalıştı. Buhârâ’nın bir çok yerine mescidler yaptı. 712 senesinde kale içinde bulunan puthânenin yerine büyük bir câmi yaptırdı.
İslâmiyetten önce şehrin emirlerine Buhârâ emîri mânâsına gelen Buhâr-ı Hudâ denirdi. Fethedildikten sonra, Buhârâ’da Merv şehrinde ikâmet eden Horasan emîrine bağlı bir âmil bulunduruldu. 874 senesine kadar Buhârâ’yı Tâhirîlere bağlı bir âmil idare etti. Tâhiroğullarının yıkılması ile ahâli ve ulemâdan bir hey’et, Semerkand’a hâkim olan Sâmânî hükümdârı Nasır bin Ahmed’e giderek bağlılıklarını bildirdiler. Bunun üzerine, o da kardeşi İsmâil’i Buhârâ’ya vali tâyin etti. Nasır bin Ahmed’in ölümünden sonra tahta geçen İsmâil, Buhârâ’yı saltanat merkezi yaptı.
999 senesinde Karahanlıların Buhârâ’yı ele geçirip, Sâmânî Devleti’ne son vermelerinden sonra, şehir eski siyâsî önemini kaybetti. Karahanlılar döneminde, Buhârâ’yı valiler yönetti. İslâm ordularının Buhârâ’yı fethetmesinden sonra, ilk defâ 1141 senesinde, müslüman olmayan Karahitaylar tarafından ele geçirildi ve 1207 senesine kadar onların hâkimiyetinde kaldı. Harezmşah sultânı Alâeddîn Muhammed’in Karahitaylar Devleti’ne son vermesi ile de Harezmşah idaresi altına girdi. Harezmşahlar döneminde, Buhârâ mâmur hâle getirildi. Şehrin çeşitli yerlerine medreseler, kütüphaneler ve câmiler yapıldı.
Cengiz 1220 senesinde şehri kuşattı. Üç gün süreyle yaptığı şiddetli taarruzlar neticesinde, kaleyi almak mümkün olmadı. Bu sırada kale savunmasını lüzumsuz sayan vali ve bâzı komutanlar, hücûma karar verdiler. Muhasaranın üçüncü günü ani bir taarruzla Moğol çemberini yarıp çıktılar. Fakat, Ceyhun nehri kıyısına varmadan arkalarından yetişen Moğol süvarileri tarafından imha edildiler. Ertesi gün sahra, güneş ışıkları altında kan ile dolmuş büyük bir gölü andırıyordu. Bu durumu öğrenen Buhârâ ahâlisi, aman dilemek üzere, Cengiz Hân’a Kadı Bedrüddîn’i elçi gönderdi. Yapılan görüşmeler sonucunda halka dokunulmayacağı vâdiyle, Moğol ordusu 1220 senesi Şubat ayının onbirinde Buhârâ’ya girdi. 
Bir kısım Türkmenler, teslim olmayı kabul etmeyerek iç kaleye çekildiler. Cengiz, şehrin yağmalanmasını ve ateşe verilmesini emretti. Binaların çoğu ahşap olduğu için, bir kaç gün içinde şehrin büyük bir kısmı yandı. İç kaleye çekilen Türkmenler, şehri kahramanca savundular. Her saldırılarında Moğollara büyük kayıplar verdiriyorlardı. Kum tanesi gibi kalabalık olan Moğol sürüsü karşısında, iç kale fazla dayanamadı. Kale düştü ve içindekilerin ekserîsi şehîd edildiler. Bu savunmada Türkmenlerden otuzbine yakın asker, Moğollar tarafından öldürüldü; hanımları ve çocukları da esir edildi.
Cengiz Hân, oğlu Tuli ile şehre girdiği zaman, ihtişamına hayran kaldığı Ulu Câmi’ye atı ile girdi. Âlimlere çeşitli hakaretlerde bulundu. İçki sofrası hazırlatıp esir kadınları raksetmeye zorladı. Bu sırada, Kur’ân-ı kerîmlerin ve büyük İslâm âlimlerinin yazdığı değerli kitapların muhafaza edildiği dolaplar ve sandıklar, Moğol askerlerince yağmalandı. Kur’ân-ı kerîmler ayaklar altına alındı. Bir kısmı parçalanarak yakıldı. O sırada câmide bulunan âlimler, içleri kan ağlayarak bu durumu seyrediyorlar ve gadab-ı ilâhiyyeye uğradıklarına inanıyorlardı. Cengiz, daha da ileri gitti ve ilme olan düşmanlığının nişanesi olarak oradaki bütün âlimleri öldürttü. Anbarlarda bulunan zahîrelere el koydu. Şehirde ve hisardaki kadınlar ve ihtiyarlar dâhil herkesin, üzerlerindeki elbiseden başka bir şey götürmemek üzere Namazgah sahrasına çıkartılmasını istedi. Erkekler, Semerkand muhasarasında kullanılmak üzere orduya alındı. Kadınlar askerlere dağıtıldı ve şehir baştan başa yağmalandı.
Bir zamanlar yalnız Mâverâünnehr’in değil, bütün İslâm âleminin en meşhûr ilim ve kültür merkezlerinden olan âlim ve evliyâ yatağı Buhârâ, yanıp yıkılmış, kale ve surları yerle bir edilmiş, halkı darmadağın olmuş ve bir enkaz yığını hâline gelmişti. Bu hâdiseleri, Horasan’a kaçan bir Buhârâlı kısaca; “Moğollar yıktılar, yaktılar, öldürdüler ve gittiler” diyerek veciz bir şekilde dile getirmiştir.
Cengiz’in yerine geçen Ögeday, Buhârâ’yı tekrar mâmur hâle getirdi. 1238 senesinde Buhârâ halkı Moğollara karşı isyân ettilerse de, isyân kısa sürede bastırıldı. Moğolların egemenliği altında Buhârâ’nın nasıl idare edildiği ve durumu hakkında kaynaklar yeterince bilgi vermemektedir. Şehir; 1283 de İran Moğolları, 1276 yılında da Çağataylar tarafından ele geçirilerek yağmalandı. Buhârâ hiç bir zaman böyle üst üste felâkete uğramamıştı. Şehirde yedi sene canlı varlık bulunmadı. 1283 senesinde Emir Kayd ve Mes’ûd Bey, Buhârâ’yı îmâr ederek, başka beldelerden getirdikleri halkı yerleştirdiler. 1316 senesinde, Çağatay prensi Yasavur tekrar Buhârâ’ya saldırarak şehri yağmaladı. Halkın büyük Kısmını alıp götürdü ve zorla Ceyhun bölgesine yerleştirdi.
Çağatay hânedânı ve daha sonra Tîmûr ve Tîmûroğulları devrinde Buhârâ, Mâverâünnehr’in siyâsî hayâtında mühim bir mevkîye sâhib olmamıştır. Özbekler, 1500 senesinde Buhârâ’yı ele geçirdiler, Özbeklerden Muhammed Şeybek, Şeybânîler hânedânına Buhârâ’yı payitaht yaptı. Buhârâ, Şeybânîlerden Ubeydullah bin Mahmûd ile Abdullah bin İskender Hân zamanında, siyâsî ve manevî hayâtın merkezi durumuna geldi. (Bkz. Şeybânîler). Şehir bu durumunu bölgede kurulan Astırhanlar (Estarhanlar) ve Nangıthanlar döneminde de devam ettirdi.
Astırhanlar hanlıkları, Ruslar tarafından işgal edilince, reislerinden Yâr Muhammed ile oğlu Can, Buhârâ’ya sığındılar. İskender’in kızı ile evli olan Çan’ın oğlu Baki Muhammed, onaltıncı yüzyılın sonlarında Canoğulları sülâlesini kurdu. Abdülazîz devri, Buhârâ Hanlığının son parlak devri oldu. Daha sonraları zayıflayan Buhârâ Hanlığı, 1740 yılında Nâdir Şâh tarafından yıkıldı. Nâdir Şâh’ın ölümünden sonra Canoğullarının yerine Mangithanlar sülâlesi geçti. 1860’tan sonra Ruslar, Türkistan içlerine doğru ilerlediler. Onların bu hareketini engellemeye çalışan Emir Muzaffereddîn, 1868 de Zirebulak’ta mağlûb oldu. Ruslar, İngiliz rekabetinin de te’siri ile Buhârâ Hanlığını yarı bağımsız bir hâle getirdiler. Bölgenin verimli topraklarını sömürmek için, demiryolu kenarlarına Rus köyleri kurarak çoğunluğu sağlamaya çalıştılar. 1910-1920 yılları arasında emîrlik yapan Mîr Alîm Hân zamanında da Rus baskısı devam etti. Ruslar 1917 Komünist ihtilâli ile harekete geçen emire karşı 1918 yılında savaş açtılar. Bir çok Türk aydını öldürüldü. Buhârâ ve çevresi Ruslar tarafından işgal edilince, Mîr Alîm Hân 1920 yılında Afganistan’a sığındı. İnsanlar, kadın-erkek, ihtiyâr-çocuk demeden kızıl kurşunlara hedef oldular. Câmi ve mescidler kapatılıp, din adamları kurşuna dizildi. Buhârâ bir defâ daha harabe hâline geldi. Afganistan’a geçen Mîr Alîm Hân, orada öldü. 1979’da, kızılordu Afganistan’ı işgal edince, Mîr Alîm Hân’ın oğlu ve yakınları Pakistan’a geçti. Daha sonra Türkiye’ye getirilerek Gâziantep’de yerleştirildi.
Mâmur olduğu devirlerde belli başlı ilim merkezlerinden biri olan Buhârâ’da yetişen binlerce âlimden bâzıları şunlardır: İmâm-ı Buhârî, Hakîm Tirmizî, Muhammed bin Selâm el-Bîkendî, Abdullah bin Muhammed el-Müsnedî, Muhammed bin Yûsuf el-Bîkendî, İbrâhim bin el-Eş’as, İmâm-ı Muhammed Şeybânî, Yûsuf-i Hemedânî, Abdülhâlık-ı Goncdüvânî, Şâh-ı Nakşibend Behâeddîn Muhammed bin Muhammed Buhârî, Seyyid Emîr Külâl, Mahmûd Buhârî.
Buhârâ, verimli ve bereketli bir araziye sahipti. Ticarî faaliyetler çok gelişmişti. Müslümanlar Buhârâ’yı fethettikten sonra, pek çok câmi, medrese ve kütüphane gibi mîmârî eserler yaptılar. Yuvarlak tuğla payeler üzerine sivri kemerli ve kubbeli bir yapı olan ve zamanımıza kadar ulaşan Hazer Degaron Câmii, Karahanlılar tarafından yaptırılmıştır. Her Kubbenin etrafı tonozlarla çevrili olan câmi, 1121 senesinde yapılmıştır. Küli Hâtûn ve Hakîm Tirmizî türbeleri de zamanımıza kadar ulaşan eski eserler arasında olmakla birlikte, bakımsızlıktan yıkılmağa yüz tutmuşlardır.
Ayrıca Uluğ Bey tarafından yaptırılan Uluğ Bey Medresesi, onbeşinci asır mimarîsinin güzel bir örneğidir. 1536 senesinde yapılan Mîr Arab Medresesi ile 1652 senesinde yapılan Abdülazîz Hân Medresesi, onaltıncı asır mimarîsini çok güzel temsil eder. Buhârâ’da son medrese, 1807 senesinde Niyazi Kul tarafından yaptırılan Dört Kuleli Medrese’dir.
Rusya’da komünist rejim iktidarı ele geçirdikten sonra, yönetimi altında bulunan Mâverâünnehr’de bir çok ibâdet yerlerini yıktılar. Yalnız Buhârâ vilâyetinde 360 câmi ve mescid yıktırıldı. Uluğ Bey Medresesi’ni bıraktılar ki, o da din aleyhtarlığı için müze olarak kullanılmaktadır. Buhârâ kütüphanelerinde bulunan binlerce Kur’ân-ı kerîm ve hadîs kitapları başta olmak üzere, bütün dînî eserleri toplayıp, yakan komünistler, sokaklarda yırtarak ayaklar altında çiğnediler. Halkın evlerinde bulunan dînî, millî ve târihî kitaplara varıncaya kadar toplayıp imha ettiler. Kitapları teslim etmek istemiyen binlerce müslümanı da hunharca şehîd ettiler.

1) Târih-i Buhâra (Vanlavî)
2) Kâmûs-ül-a’lâm; cild-2, sh. 1247
3) Fütûh-ül-Büldân; sh. 509
4) Târih-i Taberî; cild-2, sh. 1693
5) Târih-i Buhâra (Ebû Bekr bin Ca’fer Nerşahî)
6) Büldân-ül-hilafet-iş-şarkıyye; sh. 503