Annesi, Havle binti Ca’fer bin Kays-ı Hanefiyye olduğu için, İbn-i Hanefiyye denilir. Hicretin 21’inci senesinde doğdu. 690 (H.71)’de Medîne’de vefât etti. Muhammed Hanif, Muhammed Hanefiyye ve Muhammed-ül-Ekber de denir. İsmi Muhammed, künyesi Ebü’l-Kâsım’dır.
Künyesinin Ebü’l-Kâsım olması, Peygamber efendimiz tarafından Hazret-i Ali’ye verilen husûsî bir izin iledir. Muhammed bin Hanefiyye, Hazret-i Hasen ve Hüseyn’den sonra Ali’nin oğullarının en üstünü idi.
Bir gün bir kimse, Muhammed bin Hanefiyye’nin yanına geldi ve; “Esselâmü aleyke yâ Mehdî!” diye selâm verdi. İbn-i Hanefiyye buyurdu ki; “Doğru söylüyorsun. Ben insanları, hidâyete ve hayra dâvet etmek ve doğru yolu göstermek bakımından Mehdî’yim. Lâkin âhir zamânda gelecek olan Mehdî değilim, öyle anlaşılmaması için bana selâm vereceğin zamân “Esselâmü aleyke yâ Muhammed veya yâ Ebâ Kâsım” deyin! Başka isim ile hitâb etmeyin!” 
Muhammed bin Hanefiyye, ilimde üstün derecelere sâhipti. Abdullah ibni Abbâs (r.anh) ile berâber, fıkıh, hadîs, tefsîr gibi ilimleri kitaplara yazdılar. Muhammed bin Hanefiyye, haramlardan ve şüpheli şeylerden sakınmakda ve güzel huyları kendinde toplamakda çok üstün olup, bu hâliyle mübârek babaları Hazret-i Ali’nin husûsî muhabbet ve takdîrine mazhâr olmuştu. İbn-i Hanefiyye (r.aleyh), aynı zamânda çok cesur ve fevkalâde kuvvet ve şecaât sâhibi idi. Bu durumu bildiren çeşitli misâller vardır. Hazret-i Ali’nin aldığı bir zırh uzunca olduğundan, alt kısmından biraz kesilmesi îcâb ediyordu. Hazret-i Ali kesilmesi gereken kısmı işaretledi. Oğluna işaretli yerin alt tarafını kesmesini söyledi. İbn-i Hanefiyye, zırhı bir eline alıp, diğer eliyle de, işaretli yerden îtibâren çekerek kopardı.
Muhammed ibni Hanefiyye, Cemel ve Sıffîn muhârebelerine karışmak istemedi ise de, babasının; “Babanın bulunduğu tarafın haklı olduğundan şüphen mi var?” sözü üzerine babasının yanında yer aldı ve onun sancağını taşıdı. Kahramanlık ve şecââtde eşsiz idi. Hazret-i Ali şehîd olduktan sonra, Abdullah ibni Zübeyr ve Abdülmelik bin Mervân arasındaki hâdiselere karışmamak için, Kûfe’ye hicret etti. Abdullah ibni Abbâs (r.anh), Tâif’de 684 (H.65)’de vefât edince, cenâze namazını Muhammed bin Hanefiyye kıldırdı. Muhammed bin Hanefiyye, Kûfe’de iken iki defa hac yapmak istedi ise de, siyâsî karışıklıklar sebebiyle yapamadı. İkinci defa da hac yapamayınca çok sayıda kimse etrâfında toplanıp; “Biz sizin emrinizdeyiz. Eğer emrederseniz harb bile yaparız” dediklerinde, İbn-i Hanefiyye, onlara çok güzel nasîhat ve tavsiyelerde bulunup, hepsini sâkinleştirdi. Daha sonra Abdülmelik bin Mervân duruma hâkim olup, herkes kendisine bîat etti. Muhammed bin Ömer, İbn-i Hanefiyye’ye bir mektup yazarak buyurdu ki: “Ben Abdülmelik’e bîat ettim. Siz de biat edin. Çünkü bîat edilmiyecek hiç bir sebeb kalmamıştır. Bütün ümmet, Abdülmelik’e bîat etti.” Bunun üzerine Muhammed bin Hanefiyye, Abdülmelik’e bir mektup yazdı. Mektubunda buyurdu ki: “Bismillâhirrahmânirrahîm. Muhammed bin Ali’den, mü’minlerin emîri Abdülmelik’e! Ben bu ümmetin içinde meydana gelen ihtilâflardan uzak durdum ve hiç kimseye bîat etmemiştim. Artık bu ihtilâflar bitti ve herkes sana bîat etti. Biliniz ki ben de bu ümmetten biriyim. Sulh ve iyilik isterim. Ben de sana bîat ettim. Gördüm ki, insanlar sizin etrâfınızda toplandı. İsterim ki siz de vefakârlık yaparsınız. Eğer haksızlık ve zulüm yaparsanız hiçbir hayrınız kalmaz. Buna rağmen bize haksızlık yaparsanız ve bîatımızı kabûl etmezseniz, biliniz ki yer yüzü geniştir.”
Abdülmelik bin Mervân, mektubu okuyup etrâfındakilerle istişâre ettikten sonra, yazdığı cevâbî mektûbda şöyle dedi: “Ey Muhammed bin Ali, siz bize yakınsınız. Akrabâmsınız. Madem ki siz bize bîat ettiniz, biliniz ki, sizin bîatınızı kabûl ettim. Size vâd ediyorum ki, siz bundan sonra Allahü teâlânın ve Resûlünün emânındasınız. Bizden size ve arkadaşlarınıza hiç bir zarar gelmez. Şehrinize dönüp, istediğiniz gibi hareket ediniz. Ben sağ oldukça size hiç kimse bir zarar veremez.” Abdülmelik bin Mervân daha sonra, Hicaz ve Irak’ın vâlisi olan Haccâc bin Yûsuf’a mektub yazarak Muhammed bin Hanefiyye’ye hiç zarar vermemesini, ona karışmamasını, iyilik ve ikrâmda bulunmasını emretti. Bunun üzerine Muhammed bin Hanefiyye, Medîne-i münevvere’ye döndü. Bâkî’ mevkiinde bir ev yaptırıp, oraya yerleşmek arzusunda olduğunu Halîfe Abdülmelik’e bildirdi. Halîfe derhal izin verip evi kendisi yaptırdı. Muhammed bin Hanefiyye ailesi ile berâber o eve yerleşti. 690 (H.71)’de Medîne’de vefât etti. Cenaze namazını Hazret-i Osman’ın oğlu Ebban kıldırdı. Abdullah, Hamza, Câfer, Hasen, İbrâhim, Kâsım, Abdurrahmân ve Rukayye isimli çocukları olmuştu.
 Muhammed bin Hanefiyye (r.aleyh), babası Hazret-i Ali’den şöyle bir hadîs-i şerîf rivâyet etti: Resûlullah sallallahü aleyhi ve sellem buyurdu ki: “Ümmetime şefâat edeceğim. Hattâ Rabbim “Yâ Muhammed! Râzı mısın?” diye nidâ edecek. Ben de; “Evet yâ Rabbî, râzıyım!” diyeceğim.”
Muhammed bin Hanefiyye (r.aleyh) buyurdular ki: “Bir kimse seyyidleri ve âlimleri severse, o kimse çok günahkâr bile olsa, Allahü teâlâ o kimseye pek çok ihsânlarda bulunur.”
“Kanaatkar olup, elini ve dilini kötülükden muhâfaza edip, evinde oturan kimseye, Allahü teâlâ merhamet etsin. Allahü teâlânın sevdikleriyle görüşmek, onların sohbetlerine katılmak büyük bir nîmettir. Kim bu nîmete kavuşmuş olarak ölürse, şüphesiz Allahü teâlânın ihsânlarına ve Cennet’ine kavuşur ve orada sevdikleriyle berâber olur.”
“Allahü teâlânın rızâsı için olmayan her şey boştur, mânâsızdır.”
“Kimin nefsi ıslâh olmuş ise, onun nezdinde dünyânın zerre kadar kıymeti yoktur.”
“Allahü teâlâ, Cennet’i nefslerinize karşılık kıldı. Nefsinizi, Cennet dururken, başka şeylere satmayınız.”

1) Tabakât-ı İbn-i Sa’d; cild-5, sh. 91
2) Hilyet-ül-evliyâ; cild-3, sh. 179
3) Tam İlmihâl Seâdet-i Ebediyye; sh. 1017
4) Vefeyât-ül-a’yân; cild-4, sh. 169
5) Ensâb-ül-Eşrâf; cild-5, sh. 214, 223, 260
6) Tabakât-ı Şirâzî; sh. 62
7) El-A’lâm; cild-6, sh. 217
9) Kâmûs-ül-a’lâm; cild-6, sh. 4190
10) Eshâb-ı Kirâm; sh. 362
11) İslâm Âlimleri Ansiklopedisi; cild-1, sh. 373